木雕药师如来坐像的左手持着装有可以治愈所有身体、心理疾病的灵丹妙药壶，故而被后世信仰为可以治愈疾病的佛。
新药师寺的本尊始建于9世纪初期。

其头部和躯体均由一根榧树的木材雕刻而成，因为使用了木芯部分，因此可推断原来所使用的木材是一根有着2～3倍直径的巨木。

这尊使用树龄超1000年的木材建成的佛像至今已有约1100年的历史，可见最初树木的树龄如今已超过了2000年。
在佛像的背后有显示从佛身发出光芒的“光背”，采用了西式风格的设计：由丝路传来的茛苕植物的大片叶子翻转，而盛开的花朵则向上而生。花上的6尊小佛加上本尊共计7尊佛像则是当时为了祈祷圣武天皇的疾病痊愈而制作的“七佛药师”。
其沉稳且及其力量美感，并给人极大震撼感的身姿，作为日本首屈一指的佛像雕刻，并被认定为国宝。

药师如来在其修行时代曾因普渡众生的信念而立下12条誓言。

而12条誓言各自神化后，即为“十二神将”。
这些坐拥8万4千部下的大将各自统率7千部下，作为护法守护着药师如来的12个方位。
十二神将立像始建于8世纪，作为最古老且最大的十二神将的雕刻杰作，而被认定为国宝。
雕像通过使用绳索缠绕木制骨架并在上面涂抹掺有藁的粘土完成塑形后，再使用掺有纸和云母的泥土进行涂装，最后用上色的玻璃球来代表其眼球。其表面还施有鲜艳且立体的色彩，即使现在仍残留着部分当时的色彩。
即使是在各种独具匠心且栩栩如生的十二神将像中，怒发冲冠且面露愠色的“伐折罗大将”也因特别受欢迎而被印上邮票等。
在本寺近在咫尺地观赏药师如来坐像和以其为中心的十二尊国宝，毫无疑问是一种绝无仅有的体验。