목조약사여래좌상은 신체의 병, 마음의 병 등 모든 병을 고치는 영약이 든 약단지를 왼손에 들고, 병을 고쳐주는 불상으로서 모셔져 있는 신야쿠시지의 본존이며, 9세기 초엽에 제작된 것으로 알려져 있습니다.
머리부터 몸통은 한 그루의 비자나무로 조각한 것이고, 나무의 심지 부분을 사용했기 때문에 재료로 사용된 나무는 몸통 너비의 2~3배 직경을 지닌 거목으로 추측할 수 있습니다. 수령이 1000년이상된 나무로 제작된 지 약 1100년이 된 불상은 나무가 생겨난 지 2000여년이 지난 지금 이곳에 있게된 것입니다.
불상의 등 뒤에 불상의 몸으로부터 나오는 빛을 표현한 ‘광배’는 실크로드에서 유래한 식물 아칸서스가 커다란 잎을 휘날리고 꽃을 피우면서 위로 뻗은 서양적인 디자인으로 제작되었으며, 꽃 위의 작은 불상 여섯 좌는 본존과 함께 쇼무 천황의 쾌유를 기원하면서 창건 당시에 모셔져 있던 일곱 좌의 불상 ‘칠불약사’를 나타내고 있습니다. 온화하고 강건하면서 압도적인 볼륨감이 있는 모습은 일본에서 손꼽히는 불상 조각이라 할 수 있으며, 국보로 지정되어 있습니다.

약사여래는 수행 시절에 사람들을 구하겠다는 생각으로 열두 가지 맹세를 합니다. 이 열두 가지 서원을 각각 신격화한 것이 바로 ‘십이신장’입니다. 한 좌에 7천, 총 8만 4천 명의 부하를 거느린 장수들로 약사여래의 가신으로서 열두 방향을 지키고 있습니다.
십이신장입상은 8세기에 제작된 가장 오래된 십이신장상이며, 소상 조각의 걸작으로서 국보로 지정되어 있습니다. 소상이란 나무 골조에 밧줄을 감고, 바닥에 짚을 섞은 점토를 붙여서 대충 형태를 만든 뒤, 종이와 운모를 섞은 흙을 덧칠한 것이며, 안구는 착색된 유리구슬로 표현하고 있습니다. 표면은 선명하고 입체적으로 채색되어 있으며, 현재도 부분적으로는 당시의 색이 남아있습니다.
제각기 독창적이고 생동감 넘치는 십이신장상 중에서도, 특히 머리를 곤두세우고 분노를 드러내는 ‘벌절라대장’은 우표 도안으로 쓰이는 등 인기가 있습니다.
약사여래좌상을 중심으로 열두 개의 국보를 아주 가까이서 볼 수 있는 사찰은 이곳이 유일하다고 할 수 있습니다.