L'idole principale du Shin-Yakushi-ji est la statue assise en bois de Yakushi Nyorai, vénéré en tant que bouddha guérisseur de maladies, et tenant dans sa main gauche une jarre médicinale (Yakko) censée contenir une médecine spirituelle guérissant toutes les maladies physiques et mentales. Elle aurait été sculptée au début du IXe siècle. Comme la tête et le corps ont été sculptés d’un bloc dans un arbre kaya et que seul l’intérieur du tronc a été utilisé, on imagine que celui-ci était un arbre géant d'un diamètre ayant deux à trois fois la largeur du corps de la statue. L'arbre en question aurait selon la légende eu plus de 1000 ans au moment de son abatage et la statue, sculptée il y a environ 1100 ans, serait donc composée d’un bois plus de deux fois millénaire. L’auréole symbolisant la lumière émise par le corps du bouddha a été sculptée en utilisant des motifs occidentaux car l’acanthe représentée sur la statue est une plante venue de l’ouest par la route de la soie. Ses grandes feuilles épanouies ainsi que les six petits bouddhas au-dessus des fleurs prient pour la guérison de la maladie de l'empereur Shōmu, tout comme l'idole principale représentant les sept corps du Bouddha qui lui fut consacrée au moment de sa création. Cette statue calme, puissante et extrêmement imposante est un trésor national considéré comme l'une des plus belles sculptures bouddhique du Japon.

Yakushi Nyorai fit douze vœux durant sa formation de guérisseur. Ces douze vœux s’incarnèrent en douze déités nommées les « Douze Généraux célestes ». Chaque général possède 7 000 subordonnés, ce qui donne une armée de 84 000 envoyés célestes, et protège chacun l’une des douze directions célestes sous la supervision de Yakushi Nyorai. Cette statue des Douze Généraux célestes, réalisée au VIIIe siècle, est la plus ancienne et la plus grande des statues de ce type et est désignée trésor national en tant que chef-d'œuvre de sculpture. Elle fut fabriquée en enroulant une corde autour d'un cadre en bois en y ajoutant de l'argile mélangé à de la paille, créant une forme grossière, puis en la recouvrant de terre mélangée avec du papier et du mica. Les globes oculaires sont représentés par des boules de verre soufflées et colorées. Leur surface est colorée de manière vive et tridimensionnelle, et même aujourd’hui, certaines des couleurs d’origine subsistent. Parmi les Douze Généraux célestes, tous dépeints de manière unique et emplie de dynamisme, le Général Basara, dont les cheveux sont retournés et la colère manifeste, est particulièrement populaire et a même figuré sur des timbres japonais. Il n’existe dans l’archipel pas d'autre sanctuaire ou temple où l’on puisse observer douze trésors nationaux de ce type de si près.